Historia de los heterodoxos españoles es una investigación de gran extensión y profunda erudición donde Menéndez Pelayo desmenuza la tarea de todos y cada uno de los pensadores y escritores perseguidos por la tradición católica de España, asumiendo el punto de vista del catolicismo. Grosso modo, los temas de la obra son exactamente los mismos en las diferentes temporadas investigadas: doctrinas teológicas heterodoxas y sus iniciadores y representantes; supuestos espirituales (místicos y también alumbrados, magos y hechiceros) y filosóficos (gnosticismo, panteísmo, averroísmo, erasmismo, iluminismo, jansenismo, liberalismo...) tras aquellas doctrinas heterodoxas; contexto sociopolítico de cada época; y finalmente el desarrollo de la contestación ortodoxa a las doctrinas erradas. Para ahondar en estos temas se vale nuestro autor de numerosísimas fuentes que van desde escrituras públicas hasta hagiografías, pasando por decretales pontificias, documentos conciliares, obras literarias, cartas, como traducciones distintas y obras de todo género de autores: fieles y no creyentes; católicos y protestantes de todo rango; españoles en y fuera de España. Calificada como "obra visceral de un católico que el día de hoy llamaríamos probablemente fundamentalista; más ideológica que científica; más dogmática que crítica", tiene que reconocerse que incluso entonces formó ya un ensayo de investigación de largo recorrido y de mucho interés; una obra de gran extensión y profunda erudición al cargo de una las psiques más memoriosas y capaces en un buen tiempo, en la que la carga ideológica puede volverse un aliciente más para ahondar mejor en los pliegues del devenir histórico, y de la que no cabía duda era una primera excelente síntesis de una historia de 15 siglos por donde desfilaban autores conocidos a la vera de una muchedumbre de olvidados, para trenzar el curso de esa malla hecha de ideas religiosas, políticas, científicas, literarias y filosóficas